Le sanctuaire Chinzei Suwa a une histoire longue et compliquée. Son histoire a commencé en 1614, la même année que l'édit de Tokugawa contre le christianisme. Le sanctuaire a été pensé comme un moyen d'unir la communauté contre la population croissante de Japonais convertis au chirstianisme dans la région, population qui dépassait en nombre la population shintoïste et bouddhiste. De nombreux chrétiens locaux ont commencé à détruire les progrès du sanctuaire jusqu'à ce qu'un prêtre, Aoki Kensei, vienne à Nagasaki en 1624 et mette un terme à l'ingérence.
Le sanctuaire a ensuite été utilisé comme site de recensement en 1634 et a obligé les chrétiens à s'enregistrer et à renoncer à leurs croyances sous peine de subir une punition extrême et, dans les cas les plus graves, la mort.
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Ride the streetcar to Suwa Jinja and climb the 277 steps to the shrine.