Le château de Shimabara fut construit au début de la période Edo (1600-1868). Le donjon principal à 5 étages, d'un blanc éclatant, devait figurer l'autorité du shogun dans la région.
Le château avait une importance non négligeable, et était plus imposant que beaucoup de ses homologues à cette époque. Les habitants de la région durent payer de lourdes taxes pour sa construction, un fait qui créa un ressentiment frémissant vis-à-vis du nouveau seigneur, Matsukura Shigemasa. L'inébranlable politique antichrétien de Matsukura, dans une région connue pour abriter de nombreux catholiques, avait également suscité la colère des habitants. Ces deux facteurs ont engendré la rébellion de Shimabara de 1637 à 1638, pendant laquelle les paysans ont essayé vaillamment de se rebeller contre l'autorité du seigneur, mais furent brutalement écrasés par la suite.
Cette histoire ainsi que les artefacts liés à la construction du château et à la rébellion de Shimabara, sont exposés dans le musée du donjon principal. Des explications en anglais aident les visiteurs à comprendre l'histoire de la péninsule de Shimabara pendant la période féodale, de ses liens avec les missionnaires et les chrétiens cachés pendant la période Edo, jusqu'à sa destruction à la restauration de Meiji. Armures de samouraïs, monnaie de papier et lanternes arborant les symboles du culte chrétiens, sont quelques unes des pièces de la collection du musée.
Le dernier étage du donjon offre un panorama magnifique, allant des sommets volcaniques de Unzen à l'ouest, à la mer d'Ariake à l'est. Par temps clair, on peut aussi apercevoir la ville de Kumamoto à l'opposé de la baie.
La vue du donjon est aussi impressionnante, ne manquez donc pas de vous promener au pied du château pour l'apercevoir dans sa totalité. L'étincelant donjon blanc fut reconstruit dans les années 60, d'après les plans architecturaux réalisés au début du siècle. Certaines des dépendances du château ont également été restaurées, y compris la tourelle de l'ouest. Il y a également un petit musée au pied du château qui retrace l'éruption survenue à côté du Mont Unzen entre 1990-1995.
Au printemps et en été, promenez-vous autour du château pour admirer la floraison des iris et des lotus dans les douves.
Le château de Shimabara se trouve à une courte distance du quartier samouraï Teppo-machi, où quelques résidences datant de l'ère Edo demeurent dans une calme rue pavée.
